A indicação e aplicação da Oxigenoterapia Hiperbárica são de exclusiva competência médica. Quando o médico prescreve o tratamento, o paciente é encaminhado ao centro Hiperbárica, onde será avaliado o caso para se determinar a duração e o número de sessões a serem realizadas. O paciente é fotografado para documentação da evolução e serão enviados relatórios periódicos documentados em fotos para o médico do paciente. Caso haja interesse do médico, ele poderá acompanhar pessoalmente ou através de relatórios. Ao final do tratamento, o paciente é reencaminhado ao seu médico de origem.
De acordo com a Resolução 1457/95 do CFM, as indicações para tratamento com Oxigenoterapia Hiperbárica são as seguintes:
Visando ampliar e especificar melhor as indicações de OHB, e baseando-se em evidências científicas atuais, a SBMH elaborou uma lista expandida de indicações e recomendações para o uso de OHB contendo 71 indicações.
Dentre as indicações mais importantes são para tratamento de úlceras varicosas, complicações de feridas cirúrgicas, lesões secundárias causadas por tratamentos de radioterapia e pé diabético. O pé diabético é uma complicação da diabetes que ocorre em cerca de 20% dos pacientes em algum ponto das suas vidas, na qual complicações microvasculares diminuem a oxigenação das extremidades, de forma que microtraumas podem complicar e tornar-se feridas que nunca fecham. O tratamento destes pacientes é muito difícil e cerca de 25% podem evoluir para amputações, porém diversos estudos já demonstraram que o uso de OHB pode reduzir as chances de amputação em até 50%.